اداره کرد مدارس هیئت امنایی با هدف افزایش مشارکتهای علمی، فکری، عاطفی و فرهنگی اولیاء در حالی به مرحله اجرا درآمده که گویا هدف اصلی از اجرای این طرح سبک کردن بار هزینه های آموزش و پرورش و انتقال هزینه های سنگین به دوش مردم بوده است، چراکه والدین دانش‌آموزان برای تحصیل فرزندان‌شان در ایران بر خلاف اصل 30 قانون اساسب باید شهریه بپردازند.!
طبق ماده 3 اصل سوم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مبنی بر حقوق برخورداری از آموزش و پرورش و تربیت بدنی رایگان برای همه در تمام سطوح، هر روز با اجرای طرح هایی چون مدارس هیئت امنایی رنگ بی رنگی به خود می گیرد، چرا که اجرای این طرح قطعا هزینه هایی را به خانواده ها تحمیل کرده بطوریکه هزینه تحصیل دانش آموزانی که تا چندی پیش در مدارسی که در زمره مدارس دولتی قرار داشتند رایگان بود اما امسال با هیئت امنایی شدن همین مدارس کسانی که از سالهای گذشته در این مدرسه ها تحصیل می کردند بخاطر عدم توانای پرداخت هزینه مجبوراً به مدارس دیگر انتقالی می گیرند، هر چند که تدابیری برای انتقال این دانش آموزان از سوی آموزش و پرورش اندیشیده شده اما بنظر میرسد این تفکیک اجباری به نوعی اجحاف در حق دانش آموزان بی بضاعت بوده، چرا که آنها به واسطه نداشتن توان مالی کافی قادر به ادامه تحصیل در کنار دوستانی که کمتر از یک سال پیش با هم در یک مدرسه و یک کلاس درس می خواندند، نیستند که قطعاً تبعات روحی را نیز به همراه خواهد داشت.
از سویی سبک کردن بار هزینه آموزش و پرورش با تحمیل به خانواده ها انجام می شود و اگر قرار است مشارکت مردمی همانطور که در منابع مالی مدارس هیئت امنایی آورده شده است از "هدایا و کمک های مردمی داوطلبانه که در خارج از فصل (موعد) ثبت نام دانش آموزان در چارچوب مقررات ابلاغی آموزش و پرورش دریافت می شود" باشد، نباید بر دریافت هزینه از دانش آموز تکیه کرد.
هم اکنون اغلب مدارسی که دارای ویژگیهای مناسب همچون مدیریت قوی و امکانات آموزشی مناسب هستند، هیات امنایی شده و با توجه به روند فعلی به‌نظر میرسد هدف کلی آموزش و پرورش این است که با تغییر نام مدارس دولتی به هیات امنایی، از والدین دانش‌آموزان برای تحصیل در این مدارس شهریه دریافت کند و با این اقدام عملاً آموزش و پرورش در حال پیمودن گام نخست برای واگذاری مدارس به بخش خصوصی آنهم بشکل کاملاً بی سر و صدا می باشد، طرحی که برای دومین بار از سوی وزارت آموزش و پرورش در بودجه 94 مجدداً مطرح شد تا به عنوان یکی از برنامه‌های وزارت آموزش و پرورش برای اداره مدارس رنگ و بوی قانونی به خود بگیرد که خوشبختانه با تمرکز به موقع نمایندگان بر شیوه عملکرد وزارت آموزش و پرورش در نحوه واگذاری مدارس و مغایرت‌های قانونی این برنامه باعث شد پیشنهاد ممنوعیت واگذاری مدارس به بخش خصوصی روی میز بهارستان قرار گیرد و در نهایت قانونی وضع شد که تا پایان برنامه پنجم واگذاری مدارس دولتی به بخش خصوصی و غیردولتی و یا برون سپاری ممنوع اعلام شود چراکه بیم آن می‌رود نحوه واگذاری فعلی، نظام تعلیم و تربیت کشور را از مسیر خود منحرف و منجر به نتایج بسیار خطرناکی شود.
در کفه انتقادات مطرح شده درباره واگذاری مدارس به هیئت امنایی وزنه سنگینی با عنوان مغایرت با اصل 30 قانون اساسی که صراحتاً به رایگان بودن تحصیلات تا پایان دوره متوسطه اشاره کرده نیز به چشم می‌خورد، چراکه بر اساس قانون اساسی تحصیل رایگان بوده و وظیفه دولت است تا زمینه و امکانات تحصیل را برای همه اقشار جامعه فراهم آورد اما هیئت امنایی کردن مدارس، زمینه پولی شدن و واگذاری به بخش خصوصی را فراهم می کند که سنخیتی با قانون ندارد. هرچند آموزش و پرورش باید برای دانش‌آموزان سرانه تحصیلی پرداخت کند اما مشکلات پیش‌روی این وزارتخانه این نگرانی را هم ایجاد کرده که در آینده وزارت آموزش و پرورش از پس مخارج برنیامده و چشم مدیران مدارس به جیب والدین دوخته شود بطوریکه عیناً در سال تحصیلی جدید شاهد آن هستیم که اکثریت مدارس دولتی شهر به شکل هیئت امنایی تغییر یافته است و با چنین رویکردی در سالهای آینده بنام آنکه سرانه پرداختی برای دانش‌آموزان را به مدارس بدهند، شاهد آن خواهیم بود که مدارس خوب، دانش‌آموزان را فقط با پول در حد شهریه‌های مدارس غیرانتفاعی جذب میکنند و در چنین وضعیتی دانش‌آموزان محروم‌تر جامعه باید به مدارس بی‌کیفیت بروند یا به پرداخت هزینه‌های هنگفت مجبور شوند.
مسئولین امر معتقد هستند که ایجاد مدارس هیات امنایی موجب تغییر در اداره مدارس، انتخاب مدیران، نحوه گزینش دانش‌آموزان و... میشود ولی از طرفی کارشناسان آموزشی بر این باورند که مدارس هیات امنایی فقط با هدف دریافت پول از والدین شکل گرفته که با اصلاحیه ماده ۱۱ قانون شوراهای مجلس، دریافت هر‌گونه وجه نقد در مدارس دولتی غیرقانونی اعلام شد که برخی از مفاد قانون مدارس هیات امنایی نیز اصلاح و دریافت وجه کمرنگ‌‌تر گردید.
طبیعی است هر زمان که پای مباحث مالی به میان کشیده شود هر بنگاه اقتصادی مسیر افزایش درآمد را در پیش گرفته و در این راه از هزینه‌های جاری تا حد امکان کم خواهد کرد. این اتفاقی است که تجربه آن در مباحث تعلیم و تربیت می‌تواند بسیار تلخ باشد، چرا که با واگذاری مدارس و پرداخت سرانه آموزشی از سوی آموزش و پرورش، مدارس تبدیل به بنگاه اقتصادی شده برای جذب بیشتر سرانه از کیفیت آموزش به طور حتم کاسته خواهد شد.
به‌نظر میرسد آموزش و پرورش تلاش میکند تا به هر قیمتی مدارس را از حالت بیپولی و کمبود اعتبار نجات دهد. اما باید توجه کرد که در هر طرحی که مسائلی مانند شرایط اقتصادی جامعه، بافت فرهنگی هر منطقه، تعداد خانوارهای زیر خط فقر رعایت نشده باشد، مطمئناً با اصل و شالوده اجرای طرح عدالت اجتماعی مغایرت دارد، چراکه با هیات امنایی شدن مدارس، فاصله طبقاتی بیشتر و هر چه بنیه مالی خانواده بهتر باشد فرزندان آنها نیز در مدارس دولتی با کیفیت یا به عبارتی مدارس هیات امنایی تحصیل میکنند، اگر خانواده‌ای هم توان پرداخت شهریه را نداشته‌باشد خوب طبیعی است که فرزندشان حق تحصیل در مدارس با کیفیت را نخواهد داشت، اما آنچه که مبرهن است اینکه نباید آموزش و پرورش با واگذاری مدارس به هیئت امنایی به گونه‌ای عمل کند که منافع و اهداف آموزشی زیر سوال رود چراکه سهم قابل توجهی از بودجه آموزشی کشور یعنی حدود 25 هزار میلیارد تومان به آموزش و پرورش اختصاص دارد و بهانه‌های مالی در این مسائل پذیرفتنی نیست و نباید هر مقوله‌ای در آموزش و پرورش مورد آزمایش قرار گیرد و مدیران آموزش و پرورش باید در نظر داشته باشند که مدرسه آزمایشگاه نیست.